Los orígenes de la UAEM se remontan al siglo XIX, cuando Francisco Leyva, gobernador del Estado de Morelos, fundó el Instituto Literario y Científico de Morelos, a través de la ley del 15 de junio de 1871, el cual inició labores el 5 de mayo de 1872. Vale decir que dicha institución no tuvo oportunidad de prosperar, pues el presidente de México en turno, Porfirio Díaz —quien además depuso a Leyva como gobernador—, tenía la idea de que el estado respondía más a labores agrícolas que intelectuales. El poco apoyo al instituto provocó que para 1884, únicamente subsistiera la Escuela de Agricultura y Veterinaria, ubicada en Acapantzingo.
El 25 de diciembre de 1938, debido a la coincidencia de ideologías entre Lázaro Cárdenas y el gobernador del estado, Elpidio Perdomo, se fundó el Instituto de Estudios Superiores del Estado de Morelos; su primer director fue el licenciado Bernabé L. de Elías.
El 30 de enero de 1965 fue aprobada, promulgada y publicada la Ley Orgánica de la Universidad del Estado de Morelos, la cual presentaba cambios significativos respecto a la anterior.
Gustavo Urquiza Beltrán, rector de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM), directores de facultades y escuelas, así como miles de alumnos, docentes, trabajadores administrativos, egresados y sociedad en general, se congregaron para ser testigos de la ceremonia del inicio de los trabajos de demolición del edificio principal de esta casa de estudios.
"Derivado del sismo que padecimos el pasado mes de septiembre, fueron afectadas un total de 134 edificaciones, tanto en el Campus Norte como en las distintas sedes del estado, 6 de ellas con severos daños estructurales, 33 con daños mayores y 95 que con daños menores", informó el rector.