Los orígenes de la UAEM se remontan al siglo XIX, cuando Francisco Leyva, gobernador del Estado de Morelos, fundó el Instituto Literario y Científico de Morelos, a través de la ley del 15 de junio de 1871, el cual inició labores el 5 de mayo de 1872
El 25 de diciembre de 1938, debido a la coincidencia de ideologías entre Lázaro Cárdenas y el gobernador del estado, Elpidio Perdomo, se fundó el Instituto de Estudios Superiores del Estado de Morelos; su primer director fue el licenciado Bernabé L. de Elías.
Años más tarde, en 1953, y por la necesidad de incluir más carreras para el estudiantado, este organismo fue sustituido por la Universidad del Estado de Morelos, hoy UAEM. Su primer rector fue el doctor Adolfo Menéndez Samará. La Ley Constitutiva y Reglamentaria del 7 de abril de 1953, publicada en el Periódico Oficial “Tierra y Libertad” el día 15 de ese mes, instauró oficialmente la universidad.
El 30 de enero de 1965 fue aprobada, promulgada y publicada la Ley Orgánica de la Universidad del Estado de Morelos, la cual presentaba cambios significativos respecto a la anterior.
El 22 de noviembre de 1967, con la nueva promulgación de su Ley Orgánica, la UAEM obtiene su autonomía.
La Ley Orgánica vigente de la UAEM fue promulgada el 21 de mayo de 2008 en el periódico oficial y entró en vigor el día 13 de agosto de 2008.